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El libro se puede estructurar así:
- AMOR DEL SEÑOR POR ISRAEL (1, 1-5): Dios ama a Israel. Muestra de ese amor es la elección y también que Israel, al contrario que Edom está protegido.
- LOS SACRIFICIOS MEZQUINOS Y OTRAS FALTAS DE LOS SACERDOTES (1, 6-2, 9): el profeta les reprocha sus faltas en el cumplimiento de los sacrificios rituales y en la enseñanza al pueblo. En este contexto, anuncia un sacrificio nuevo: puro y universal.
- LOS MATRIMONIOS MIXTOS Y LOS DIVORCIOS (2, 10-16): el profeta condena estas dos prácticas en las que ve una infidelidad a la Alianza y al plan divino en la creación.
- EL DÍA DEL SEÑOR (1, 17-3,5): anuncia la llegada del Señor a su Templo. Estará precedida por la presencia de un mensajero, pues el día de la venida del Señor será día de purificación del culto y ejercicio de la justicia.
- LOS DIEZMOS DEL TEMPLO (3, 6-12): las gentes no viven la integridad de los diezmos y primicias que hay que dar para el sostenimiento del Templo y de los levitas, al parecer porque las cosechas no son copiosas. Son tacaños y Dios los penaliza.
- LOS JUSTOS Y EL DÍA DEL SEÑOR (3, 13-21): ante la perplejidad de algunos, que se quejan al Señor por el triunfo aparente de los que no temen a Dios, el profeta anuncia que el Señor no es ajeno a las obras de los hombres y anuncia un día de juicio.
- EPÍLOGO (3, 22-24): tres versículos compendian la enseñanza: hay que vivir en la fidelidad a la Ley.