Desde la perspectiva de la Alianza, el libro aborda también la cuestión de la retribución. Frente al aparente triunfo de los impíos –que no cumplen las leyes de la Alianza, aunque las cosas les van bien-, el profeta anuncia que el día de la manifestación del Señor pondrá todo en claro: los justos recibirán justicia (Ml 2, 5) y consuelo (Ml 3, 17. 10), y los impíos serán como polvo y ceniza (Ml 3,19. 21). Pero, lo que es más importante, el premio o el castigo no se vinculan a la pertenencia al pueblo, sino a las buenas obras y al temor de Dios (Ml 3, 16).
Muy unida a la visión del día del Señor, está la doctrina sobre los tiempos mesiánicos. Malaquías anuncia la venida del Señor a su Templo precedida de un mensajero (Ml 3, 1), el profeta Elías (Ml 3, 23). También anuncia un nuevo acto de culto, una oblación pura y universal (Ml 1, 11) que desborda las expectativas del momento.
El oráculo del profeta es sólo un atisbo, pero en los evangelios sinópticos el mensajero anunciado por Malaquías se identifica con Juan Bautista (Ml 11, 14).