En la Orden Carmelitana, tanto en los hombres como en las mujeres, se habían observado durante los siglos XIV y XV y principios del XVI los mismos deplorables defectos que en otras órdenes antiguas, y, como en otras órdenes, habían surgido importantes reformas. Sin embargo, a mediados del siglo XVI persistían en muchos de sus conventos, tanto de hombres como de mujeres, diversos abusos, que hacían necesaria una reforma.
Santa Teresa de Jesús y San Juan de la Cruz son las figuras señeras que llevarán a cabo esta purificación.
San Juan será el hombre del mismo temple que Santa Teresa para llevar con determinación esta misión.
San Juan había terminado sus estudios en Salamanca en 1567 y recibido la ordenación sacerdotal.
Un caballero había regalado una casita en Duruelo para la erección de un convento de reforma de varones. Juan de la Cruz la arreglaría para empezar en ella una vida de austera observancia. No mucho después, en ese mismo año de 1568, se le juntó el P. Antonio de Hébrida, e inauguraron ambos el primer convento de la reforma carmelitana de varones.
Rápidamente siguieron las fundaciones de la reforma carmelitana: en Pastrana, Mancera, Alcalá, Salamanca, donde se establecieron colegios para sus estudiantes al lado de las respectivas Universidades. Pero estos rápidos progresos de la reforma promovieron una apasionada oposición entre los Carmelitas Descalzos. En un capítulo general de 1575 celebrado en Plasencia, se decidió obligar a todos los reformados a volver a la obediencia del provincial carmelita. Con este objeto, el principal adversario de la reforma, Tostado, fue elegido Vicario General, quien se propuso visitar todos los conventos reformados. No contentos con ello, en 1577 es apresado San Juan de la Cruz, y es encerrado en Toledo en una cárcel y tratado con inhumana crueldad.
San Juan de la Cruz había conseguirá evadirse de la cárcel y continuar su trabajo de reforma. Tuvo que atravesar gravísimas dificultades, pero continuó trabajando sin descanso por volver a la autenticidad. Particularmente sensible fue la oposición encontrada en el seno mismo de los Carmelitas Descalzos; se llegó al extremo de desposeerlo del cargo de Definidos en 1591 y desterrarlo en un convento aislado de Sierra Morena, desde donde se trasladó a Úbeda. Allí moriría un 14 de diciembre de ese mismo año, después de haber padecido lo insoportable.
Felipe II fue uno de los protectores de esta reforma.