La primera doctrina que tendrá que refutar será la de los ‘maniqueos’.
Esta doctrina ya había extraviado en el pasado a San Agustín.
Contra ellos escribirá “De utilitate credendi”, es decir, sobre el carácter razonable de la fe cristiana, y sostendrá varias polémicas, especialmente en torno al origen del mal, que expondrá en “De libero arbitrio”.
En cuanto a la unidad, San Agustín se vio urgido por una herida que sufría la comunidad desde el final de las grandes persecuciones. Entonces, a comienzos del siglo IV, un grupo de cristianos decidió separarse de la Iglesia y formar una comunidad rigorista, en la que solo fueran admitidos cristianos perfecto: el cisma donatista.
San Agustín insistirá en que la Iglesia no solo no se contamina con los pecadores, sino que los acoge; siempre será una comunidad con mezcla de buenos y malos, hasta su consumación plena.
Por otro lado, frente al nacionalismo africano de los ‘donatistas’, San Agustín defenderá siempre el carácter universal de la Iglesia Católica.