Las controversias teológicas seguían en el resto del Imperio.
Los emperadores seguían buscando controlar la Iglesia promoviendo uno u otro partido doctrinal.
En este contexto se entiende que el emperador quisiera hacer en el 386 una basílica para los arrianos de Milán, para congraciarse con ellos.
Es fácil comprender que San Ambrosio, pese a querer ser conciliador, se negara a acatar esa decisión, que parecía volver a alimentar la confusión doctrinal y la división en el seno de la comunidad cristiana.
Ante su negativa, el emperador asedia la basílica de Milán, en donde quedan sitiados el obispo y los fieles. El rigor de la represalia imperial no amilana a San Ambrosio, quien siempre había mirado con devoción a los mártires del pasado.
Al contrario, animará a sus fieles, guiándoles con cantos de salmos durante las largas horas del asedio en la basílica.