Nuevas tormentas personales le harán dimitir de su sede episcopal, ya que, brillantísimo teólogo, es, sin embargo, incapaz de armonizar las diversas corrientes existentes en la Iglesia tras el concilio.
Antes de finalizar el Concilio, presenta su renuncia que es aceptada, y pronunciará un emotivo discurso de despedida. Se irá a Nacianzo como obispo.
Su primo Eulalio le sucede en el 383, y San Gregorio se retira a una propiedad de la familia hasta su muerte en 390.
La importancia de su reflexión teológica y la difusión e influencia de sus escritos siglos después de su muerte explican que el Concilio de Calcedonia del 451 le proclamara “El Teólogo” por excelencia de la Iglesia.
Apreciado por sus aportaciones trinitarias, por el testimonio apasionado en medio de las controversias teológicas, y por su inquebrantable fidelidad a la misión que le encomendó la Iglesia, en medio de tormentas y bonanzas.