Los primeros años en su sede nicena trajeron grandes conflictos doctrinales a San Gregorio.
La tensión entre arrianos y nicenos se mantenía.
Con el término novedoso de ‘homeousiano’, que parecía conciliador, pues prescindía del niceno ‘homousiano’ (misma sustancia), que era ortodoxo, frente al arriano ‘homeo’ término que venía siendo “semejante”, pero es heterodoxo.
Por una ‘e’ se vivieron enormes conflictos interminables.
San Gregorio de Nisa escribirá “Contra Eunomio”, un teólogo neoarriano de moda en aquel entonces. También tendrá que hacer frente a la herejía de Apolinar de Laodicea, quien tenía una reducidísima visión de la realidad de la humanidad de Cristo. Para él, su carne había descendido del mundo celeste, y su alma racional había sido sustituida por el Logos divino.
Con este panorama, se entiende el interés de San Basilio por nombrar obispos con ideas claras y leales a la Tradición, y apreciamos también el esfuerzo de San Gregorio por defender la ortodoxia nicena: un solo Dios en tres personas consustanciales.