En medio de ese ambiente intelectual, escribirá uno de sus tratados más importantes “Sobre los principios”.
Uniendo la filosofía, la Escritura, y la autoridad de la Tradición de la Iglesia, este tratado desarrolla todo lo relativo a los principios del ser y de las enseñanzas teológicas, con una audacia que le hace ir muy lejos en sus explicaciones trinitarias, cristológicas, escatológicas.
Su prestigio como escritor le lleva a realizar largos viajes en torno a los principales centros culturales del mediterráneo oriental para enseñar e investigar.
Es importante su estancia en Cesarea Marítima, el puerto de Palestina que Herodes “el Grande” había convertido en una gran ciudad helenista.
Allí recibirá la ordenación sacerdotal sin permiso de su obispo, Demetrio, lo que abre la primera de las polémicas en las que el audaz sabio alejandrino se verá envuelto.
Demetrio va a denunciar el caso al papa San Ponciano, quien pondrá sus enseñanzas bajo sospecha.