Estas divisiones que se dan en los ámbitos de la Gnosis también se trasladan a su concepción de Dios.
Ellos entienden que hay un Dios bueno, verdadero, espiritual e inaccesible, pero existe, asimismo, un dios de carácter material, apegado a este mundo y responsable del sufrimiento y la corrupción que reinan en la naturaleza material.
En los ambientes cristianos, esta división se concreta en que el verdadero Dios es el Padre anunciado por Jesús, y el dios malo es el del Antiguo Testamento, el cual es limitado e ignorante.
También decir, que en muchas sectas gnósticas cristianas se extenderá este dualismo a la persona de Jesucristo: el verdadero Cristo es espiritual, mientras que el cuerpo de Jesús era sólo aparente, ya que con su mentalidad dualista no podían concebir la unión tan íntima de lo divino y de lo material que se da en la Encarnación.