En medio de la polémica por su ordenación sacerdotal, Orígenes se seguirá dedicando a sus grandes pasiones: la Sagrada Escritura, y la exhortación a los mártires.
Como exégeta compone una enorme colección de comentarios y homilías sobre los libros sagrados, la mayoría perdidos. Famoso fue su comentario al Cantar de los Cantares.
Convencido de que la Escritura tiene muchos sentidos, pero que todos ellos se basan en el literal, es decir, en lo que el texto quiere precisamente decir, dedica a la Escritura no sólo comentarios para explicar sus sentidos, sino un enorme esfuerzo encaminado a precisar de la manera más perfecta a su alcance el texto auténtico de la Palabra de Dios.
Elabora para ello sus monumentales “Hexaplas”, que recogen comparativamente en columnas paralelas los textos de las Escrituras en seis versiones hebreas y griegas.
Con ocasión del peligro de martirio que afronta su amigo y patrocinador Ambrosio, Orígenes escribe ya en el 235 una extraordinaria exhortación al martirio, siguiendo la estela de grandes autores de África, como Tertuliano y Cipriano. Lo completa con un precioso tratado sobre la oración, en el que dedica una atención especial a la explicación del Padrenuestro.